在實際應用中，影響臭氧消毒效果的因素主要包括以下幾個方面：
1、臭氧釋放。在車間中，如果注入的臭氧總量沒有達到預定值，那么該車間的臭氧濃度就達不到要求的標準，消毒效果將不可避免地受到影響。
在計算臭氧發生器的輸送量時，必須考慮輸送過程和其他空間中臭氧的損耗、其他空間的 占用 、門窗泄露等綜合因素，同時，也必須保證所選用的臭氧發生器能夠達到設計 的臭氧產量指標。
2、投入臭氧的均勻度。在要消毒的車間中，必須確保所有部件的臭氧濃度能達到設計標準，否則，在臭氧濃度低的地區，消毒效果會很差。為此，在設計消毒方案時，必須仔細考慮車間結構、臭氧輸送方法和臭氧消毒機性能等因素。特別是選用獨立式臭氧消毒機時，臭氧消毒機必須具有遠距離投送臭 氧的能力，否則距離距離臭氧消毒機較遠的地方沒有臭氧到達，根本就談不上消毒。
3、臭氧消毒時間。如果車間臭氧濃度達到要求后消毒時間不夠，消毒效果也會受到影響，所以必須保證消毒時間。
4、臭氧消毒機性能。如果臭氧滅菌器的穩定性差，在一定程度上使用時過了一段時間，臭氧產量急劇下降，消毒效果無法保證。同時，生產車間通常是長度長，跨度大，為了確保臭氧到達車間的所有區域，所以臭氧消毒機必須具有較強、較遠的輸送臭氧氣體的能力。
5、其他。環境溫度、濕度、設備數量、密封程度、空氣清潔度等。在車間里，會影響臭氧的消毒效果。
